一天，宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空母舰，一名神秘女子出现，随后城市受到了外星机器人的袭击。高斯奥特曼及时出现打败了外星机器人，结果又出现了2台外星机器人，高斯陷入危机。武藏看到高斯陷入危险，主动与高斯合体，利用技能让2台外星机器人停止行动。就在此时杰斯提斯奥特曼忽然出现，他不但启动了两2台外星机器人，并且还和2台外星机器人联手杀死了高斯。
这名神秘女子来到地球不是为了维持宇宙的秩序，而是要把地球上所有生物全部消灭！为了自救，世界各国想尽所有办法去解决眼前的危机。地球即将毁于一旦，大家没有一点办法，除非奇迹出现。然而，武藏的亲人和队友任坚信高斯和武藏还未死去，他们四处奔走寻找，希望奇迹真的能够出现！
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