2045年，“全世界同时违约”爆发，对所有国家造成了严重的经济灾害。同时又因为人工智能的爆发性进化，世界陷入了受控的“可持续战争”之中。在这个近未来时代，人类还未衰退至能在日常生活中感受到人工智能带来的人类灭亡危机——
在经历了内战与纷争，废墟累累的北美洲大陆西海岸，全身义体的义体人草薙素子，和巴特等原公安九课成员一起当着佣兵。他们隶属于针对电子脑犯罪和恐怖袭击的攻击性组织，有着卓越的电子脑与战斗技术，在这个时代可以说是如鱼得水。但是一种被称为“后人类”，有着强大智能与身体能力的生命突然出现在了他们面前。后人类是如何诞生，又有着什么样的目的？在大国间的政治漩涡中，“攻壳机动队”再次重新集结——
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