故事从创骑夺走了艾克赛德的力量后说起。
曾与葛城巧公事的科学家最上魁星为了完成自己的研究，不惜启动了名为恩尼格玛的机器，欲将创骑与艾克赛德所处的两个平行世界合并。两个世界冲突相撞仅仅剩下24小时。在这关键时刻，玩家驱动器却因世界合并而无法使用。面对前所未有的危机，传说骑士们纷纷采取了行动。
桐生战兔顺利地捕捉到了最上的行踪，顺藤摸瓜地找到了创骑世界中的恩尼格玛。宝生永梦也在火野映司、如月弦太郎、天空寺尊等人的帮助下抵达了艾克赛德世界中的恩尼格玛。为了阻止两个世界的毁灭，众人需要恢复艾克赛德的力量，为此战兔竟决定主动开启恩尼格玛，连接两个世界。
即使最上与魁星如愿实现了合体，却仍不敌战兔与永梦为他精心设计的“秘技”。在两人与众位传说骑士的努力下，成功挫败了最上魁星的计划。世界合并的危机就此被解决，而假面骑士创骑的故事，还仍未结束。
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