“阿尔塔纳”能量，是存在于每颗星球上的生命源泉，它创造出了名叫虚的魔人，而虚是个多年间历经数次生死轮回，不老不死的怪物。并在数次重生之中，诞生出一个叫吉田松阳的人格，这位松阳老师就是曾经开办松下村塾，在银时、高杉、桂三人幼时教导过他们的老师。
地球灭亡危机迫在眉睫，银时、高杉、桂，这三位昔日的伙伴再次集结，各怀使命，只是他们要对抗的，是自己的恩师，吉田松阳的另一个人格——虚。
为了支援银时等人，新八、神乐、真选组、整个歌舞伎町，甚至是曾经交战过的对手，大家纷纷加入了这场战斗，共同守护江户和地球。虚的力量不断恢复壮大，高杉拼上性命与之对抗。伤痕累累的银时最后看到的是怎样的光景，他究竟能否夺回自己曾失去的一切，最后的战斗即将开始。
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